Attualmente i rapporti fra lo Stato Italiano e l’Unione delle Comunità ebraiche italiane sono regolati dalla legge n.101 dell’8 marzo 1989, Norme per la regolazione dei rapporti tra lo Stato e l'Unione delle Comunità ebraiche italiane, in cui furono tracciate le linee di collaborazione, ivi compresa l'istituzione di apposite commissioni miste. Ma già precedentemente a tale intesa tra la Soprintendenza Archivistica e le Comunità ebraiche di Firenze, Livorno, Pisa e Siena esistevano vincoli che si sono ulteriormente stretti dagli inizi degli anni Duemila, quando contributi ministeriali hanno consentito di dare avvio alle operazioni di riordino ed inventariazione o concorrervi se già avviate; in virtù della legge 175 del 2005, Disposizioni per la salvaguardia del patrimonio culturale ebraico in Italia, alla nostra Soprintendenza sono poi stati accordati finanziamenti con i quali è stato possibile portare avanti e concludere tali operazioni, che hanno prodotto strumenti di corredo consultabili presso le singole Comunità.
L’attenzione della Soprintendenza si è rivolta anche alle condizioni di conservazione del materiale documentario presente negli archivi, e grazie a contributi statali e finanziamenti della stessa legge 175 è stato possibile operare il restauro di registri, filze, pergamene e carte sciolte in vario modo danneggiati. I documenti conservati dalle Comunità partono generalmente dal Seicento, salvo sporadici documenti risalenti all’ultimo scorcio del Cinquecento. La presenza ebraica in Toscana è infatti testimoniata dalla seconda metà di tale secolo, se pure con continue oscillazioni a causa di frequenti emigrazioni ed immigrazioni; ma è proprio dal Seicento, a seguito dell'emanazione da parte del Granduca Ferdinando I, fra il 1591 ed il 1593, delle Lettere Patenti conosciute come "Livornina", che la popolazione ebraica aumentò considerevolmente soprattutto a Pisa e Livorno, data la libertà religiosa e personale ed i vantaggi in campo commerciale che la suddetta legge offriva ai mercanti ebrei che si trasferissero in queste città.
Gli archivi delle Comunità, denominate nel corso dei secoli Nazione ebrea o Università Israelitica, Comunità Israelitica ed infine Comunità ebraica, permettono di conoscere non solo la vita all’interno delle Comunità ma anche la trama dei rapporti intrattenuti con le altre Comunità italiane, con gli enti cittadini e con le istituzioni.